【内容提要】:本文从力学的角度出发阐明:蛋白质分子为什么是螺旋式的结构? DNA为什么是双螺旋结构?核苷酸分子为什么只能有四种类型?以及它们的自我复制功能为什么是唯一的?反过来,从蛋白质分子和 DNA分子的螺旋状结构中证明,微观粒子存在着螺旋式前进的运动规律。进而,证明广义时空相对论所给出的理论结果本身的正确性。
【关键词】: DNA 蛋白质 双螺旋结构 核苷酸 微观粒子 广义时空相对论 基因 孟德尔 染色体 生命之谜
一 引言
1909 年,丹麦植物学家约翰逊用“基因”一词取代了孟德尔的“遗传因子”。从此,基因便被看作是生物性状的决定者,或者说,被看成是生物遗传变异结构和功能的基本单位。 1926年,美国遗传学家摩尔根发表了著名的《基因论》。他和其他学者用大量的实验证明,基因是组成“染色体”的“遗传单位”。基因在染色体上占有一定的位置和空间,并呈现为直线排列。这样一来,就使孟德尔关于“遗传因子”的假说,体现到具体的遗传物质——基因这一概念上。这个结论,为后来进一步研究基因的结构和功能奠定了最初的理论基础。尽管情况如此,但当时的人们并不知道“基因”究竟是一种什么样的物质。直到上个世纪 40年代,当生物科学工作者弄清楚了“核酸”,特别是脱氧核糖核酸(简称DNA),乃是一切生物传宗接代的遗传物质时,“基因”这一概念才有了确切的生物学内涵。其间, 1951年科学家们在实验室里获得了DNA的结晶体; 1952年又获得了DNA的X射线衍射图谱。在此基础上,于 1953年,年仅25岁的美国科学家詹姆斯·沃森与 37岁的英国科学家西斯·克里克共同阐明了这个划时代的学术成果,——他们从DNA(脱氧核糖核酸)的 X射线衍射图上解读了它的“双螺旋结构”。DNA双螺旋结构的发现,开创了分子生物学的新时代,它使生物大分子的研究跨入了一个崭新的研究阶段,并使遗传学的研究深入到了分子层次,从而迈出了解开“生命之谜”的重要一步。
应该承认,当时的两项科学成就对DNA“双螺旋结构”的发现起到了至关重要的作用。一是,美国加州大学森格尔教授发现了蛋白质分子的螺旋状结构;二是, X射线衍射技术在生物大分子结构研究中得到了实际的应用,从而有了观测分子内部结构的实验手段。正是在这样的科学背景和研究条件下,才促使沃森来到英国剑桥大学与克里克合作,致力于研究 DNA的结构模式。他们通过对大量X射线衍射实验结果的分析与研究,提出了 DNA的双螺旋结构模型。这项研究成果发表在 1953年4月25日英国的《发现》杂志上。在随后的日子里,科学家们便围绕着 DNA的结构和作用,陆续地展开了进一步的研究工作,取得了一系列的重大进展,并于1961年终于成功地破译了“遗传密码”,以雄辩的实验依据证实了 DNA双螺旋结构这个结论的正确性。沃林、克里克、威尔金斯等三人,因此而共同分享了1962年诺贝尔医学生理学奖。(参见 [1])
二核苷酸只有四种结构模型
基因(DNA)是自然界唯一能够自我复制的生物分子。正是由于 DNA的这种精细准确的自我复制功能,为生物体将其祖先的生物特性传递给下一代提供了保证。现代生物学研究已经清楚地证明, NDA是由大量“核苷酸分子”组成的生物“大分子”。核苷酸分子有四种类型,它们按着不同的顺序排列,构成了含有各种遗传信息的生物基因( DNA)。基因是包含着特定遗传信息的脱氧核糖核酸片段。
实验证明,“大肠杆菌”是一个品系繁多的大家族,其中有成千上万种不同的类型。生物学的研究发现,一些品系的大肠杆菌,本身缺少指导合成某些特殊营养物质的基因,因此,它们必须从培养基中直接摄取营养物质才能生活,——这样的大肠杆菌,被生物学称之作“营养缺陷型”。例如,大肠杆菌 K不能合成苏氨酸(T)和亮氨酸( L);而它的另一个品系则不具备合成生物素(B)和甲硫氨( M)的能力。实验表明,如果把这两种大肠杆菌中的任何一种单独放在缺少T、 L、B、M的培养基上都不能生长。但是,当我们把这两种品系的大肠杆菌混合在一起,然后放到缺少 T、L、B、 M这四种物质的培养基上,却奇迹般地长出了新菌落。这是为什么呢?简单地说:就是因为在大肠杆菌 K的DNA中,缺少T、 L两种基因,而只含有B和M两种另外的基因;同样,在另一个品系大肠杆菌的 DNA中,虽然不具备B和M基因,但却含有前者所缺少的 T、L两种基因。把这两种营养缺陷型的大肠杆菌放在一起,就等于把四种基因放在一起来进行培养。这样一来,前一品系细胞中的 DNA,就有可能通过细胞膜进入后一品系的细胞中,使两种类型的DNA之间进行基因重组,从而形成含有 T、L、B、 M四种基因的新型大肠杆菌。
我们说,生物学的这一重大发现,仅仅证明DNA本身具有双螺旋结构,但是,这里并没有指出,形成这种双螺旋结构的物理原因是什么。作为深入的学术研究,完全有必要弄清以下问题: 1、蛋白质分子为什么是螺旋状的结构?2、DNA分子为什么是双螺旋式的结构? 3、核苷酸分子为什么只有四种类型?4、由核苷酸分子所构成的 DNA分子,能够唯一自我复制生物分子的原因是什么?而本文将从力学的角度上,探索并尝试地回答这些新问题。
三蛋白质分子为什么是螺旋结构
这里,我们先来回答:蛋白质分子为什么是螺旋状的结构?为了回答这个问题,必须先来简单地介绍一下微观粒子的运动特征。根据《广义时空相对论》的理论结果知道,微观粒子的运动规律是:在不停“自旋”的同时,又绕着某个轴线、以一定的旋转频率和旋转半径不停地“公转”。加上粒子本身的直线运动,就自然地构成了一种螺旋式的前进运动。这里虽不是在讨论理论物理问题,但为使大家对这个结论确信无疑,还是需要简单地介绍一点广义时空相对论的相关理论。
诚如所知,在广义时空相对论中(参见[2], §21 ),我曾经指出:若曲线 M(t)是给定参数 t的方程,利用基本矢量τ ,μ 来表达二阶导数d2 M/dt2,并注意到,如果参数 t代表着时间,则二阶导数d2 M/dt2就是 M点运动的“相对加速度”。把等式
d M/dt = τds/dt (1 )
对参数t微分,就得出:
d2 M/dt2 = τd2s/dt2+(d τ/dt)· (ds/dt) (2)
按照复合函数的微分法则,则有:
d τ/dt =(dτ /ds) ·(ds/dt)
再将
d τ/ds = kμ (3)
代入等式(2)中,便可以得出:
d2 M/dt2 = τd2s/dt2+ μk(ds/dt)2 (4)
由此可见,相对加速度 d2 M/dt2可分成两项:一个是切向加速度矢量;另一个是法向加速度矢量。
下面,我们用运动时钟的读数t *来替换方程(4)。为此,需要把曲线的特别参数 s写成如下的函数关系:s= s(t*)。这里,我们约定:一阶导数 s’ (t*) 是站在动点M上的观测者,用运动时钟所得出地关于动点 M的绝对速度。这个绝对速度可以是常数,——对应着没有外力作用的保守体系;也可以是时间坐标 t*的函数,——对应着外力作用引起的绝对速度的变化。同时,我们还要约定:运动是匀加速的。由此而来,把上式对运动系的时间坐标 t* 微分两次,便可以得出:
ds = s’ (t*)dt* (5 )
以及,
d2s =[s’ (t*)dt*] ’dt*=s’’(t* )dt*2 (6 )
令绝对速度
υ= s’ (t*)
以及绝对加速度
η= s’’ (t*)
于是,便可以得出:
ds =υdt* ;
以及,
d2s = ηdt*2 (7 )
由于这里是“纯量”之间的微分运算,所以不必考虑绝对速度和绝对加速度的方向。再者,由于这里只限于讨论“绝对加速度”为常数时的情况,因此,我们将 (5)和(7)式同时代入(4)式,便可以得出:
d2 M/dt2 =( ηdt*2/dt2) τ+ k(υ dt*/dt)2 μ (8 )
不难看出,上式等号右边的第一项代表了动点 M的切向加速度,而第二项代表了它的法向加速度。等式左边的二阶导数d2 M/dt2则是静止观测者、用静止的钟、所得出的动点 M在曲线M(t) 上运动的“相对加速度”。显然,这个“相对加速度”乃是“切向加速度”与“法向加速度”的矢量合成结果。
下面,我们来研究在均匀引力场中,物质的运动方程。为了简便起见,这里选择微观粒子沿着 X轴方向的运动为运动的正方向。这里区分为两种运动状况来加以考虑。
第一,粒子在自由空间中的曲线运动
按照广义时空相对论的观点:在相互作用传播速度有限性的前提下,运动系上的钟、与静止系上的钟,不可能绝对地同步地记录到一个运动事件的两种不同的时间坐标 t*和 t。因此,如果利用不同的参变数t和 t* 来表示 (4)式的话,则相应的数学形式也就有所不同。根据本文讨论的需要,我们直接按照广义时空相对论的理论结果,写出运动时钟的纯量读数 t* 和静止时钟的纯量读数 t之间的关系:
dt* =ξ dt ,或dt*/dt =ξ (9)
其中,
ξ= c/(c2 +υ2 )1/2 (10 )
对于自由空间中的匀速运动, (8)式中的η= 0,并且υ是常数,由此而来, (8)式右端的第一项等于0. 以及ξ是常数。于是,把 (9)式代入(8)式便可以得出:
d2 M/dt2 = k[ υ 2c2/(c2 +υ 2)]μ (11 )
再把关系式
V = υc /(c2 + υ2)1/2 (12 )
代入上式,则有:
d2 M/dt2 = kV2 μ (13 )
我们用曲率半径ρ = 1/k代入上式,则有:
d2 M/dt2 = (V2/ ρ)μ (14 )
这就是“匀速圆周运动”的基本公式。这一结果表明:在一个与外界没有任何联系的封闭的自由空间内,物体的绝对线速度υ和相对加速度都是常数,且其方向指向圆心。它的运动轨迹则是一个封闭的圆周。当体系本身具有恒定的初速度υ 0时,它的运动轨迹就是一条等螺距的螺旋线。
第二,粒子在均匀引力场( η= Const.) 中的运动
按照 (9)式,则有:
dt*2/ dt2=ξ 2 = c2/(c2 + υ2) (15 )
在η等于常数的情况下,将 (15)式代入(8)式,并引入相对加速度符号 a(t) = d2 M/dt2 ,得出:
a(t)=τηc 2/(c2+ υ2)+μ kc2υ 2/(c2+ υ2) (16 )
然后,再引入符号V2 /ρ=ω公 2ρ,以及ω自2 r =(η V2 /υ2 ), 其中,ω公为粒子的公转频率,ω 自为粒子绕着质心“自旋”的角频率, r代表微观粒子本身的半径,则上式就可以改写成:
a(t)=(ω自 2 r)τ + (ω公 2 ρ)μ (17 )
这就是在均匀外力作用下(η ≠0 ),微观粒粒子的运动方程。不难理解,如果没有这种均匀外力的作用,微观粒子就不会具有自旋分量,即上式中的第一项。
在上式中,如果把第一项代表切线方向的相对加速度,第二项代表了主法线方向的相对加速度。而切线 τ方向的相对加速度代表着微观粒子的“自旋”,而主法线 μ方向的相对加速度代表着微观粒子的“公转”。这两种加速度的合成结果,导致微观粒子在前进运动的同时,伴随着自旋以及绕着前进方向为轴线的公转。其轨迹是一条螺旋线。不言而喻,所有化学元素的分子,例如氮( N)、氢(H)、碳(C)的分子等都是微观粒子,因此,它们一定会呈现螺旋式的运动状态。在这种运动状态的影响下,由碳水化合物所构成的蛋白质分子必然会出现螺旋状的结构。
四核苷酸的类型与双螺旋结构的原因
根据微分几何的理论结果,我们知道
d2M/dt2 = τd2s/dt2 + μk(ds/dt)2 (18 )
以及
d2M/ds2 = k μ (19)
现在,我们把上式的二阶导数 d2 M/ds2再对具有“内蕴意义”的参数“ s”微分,就得出了它的三阶微分关系式。不过,这里并不是直接把二阶导数d2 M/ds2 = k μ对特别参数“ s”进行微分,而是把这个式子右端的矢量μ和曲率k的乘积进行微分。由于从这里出发会使问题大为简化,所以,我们的讨论将从对矢量 μ的微分开始,然后所得出的不变式来表示三阶导数 d3 M/ds3、以及 d3 M/dt3。这里不准备进行具体的分析与讨论,而是直接地引用微分几何的理论结果(参见 [3],第69—72页),写出三阶微分邻域的不变式如下:
d τ/ds = kμ;d μ/ds = - k τ+ζ β; dβ /ds = - ζμ (20 )
其中, β是副法线方向上的单位矢量。它的方向垂直于由 τ和 μ相交后所构成的平面。上式中各公式的符号是选择了“右旋坐标系”时的情况。倘若是改为“左旋坐标系”,对于曲线 M(t)的定向运动来说,在切矢量 τ改变方向时,在切线单位矢量 τ与主法线单位矢量 μ确定的旋转方向下,公式 (20)所确定的副法线单位矢量β 将改变自己的正方向。所以,由方程(20)所确定的不变式“ζ β”也随之改变符号,即:由( +ζβ )变成了(-ζ β);为了保持曲线 M(t)的不变式ζ的符号,必须在公式 (20)中改变矢量“β ”的符号。这样一来,在左旋的坐标系中,相伴三面形单位矢量导数的“基本关系式”可以写成下列的形式:
d τ/ds = kμ;d μ/ds = - k τ-ζ β; dβ /ds = - ζμ (21 )
其中,“ζ”是曲线的“挠率”,而 r= 1/ζ是曲线的“挠率半径”。其中,符号“ζ β”的“正”与“负”,代表着参数相同的两个粒子之间的“自旋方向”刚好相反。
下面,我们取d β/ds = 0,——它代表着微观粒子的自旋轴的方向始终平行于粒子的前进方向,且 β的数值不跟随着粒子的运动路程 s而变换。结果,上式就可以化成:
d τ/ds = kμ;d μ/ds = - k τ-ζ β (22 )
上式表明,刚体的任何运动都可以分为两个部分:一是远离坐标原点的平行移动;二是绕固定轴的转动。换言之,在每一个给定的瞬间,物体的运动都是由两个基本的运动所组成:第一,平移——此时物体在每一给定的时间内,它的各个部分都具有相同的运动速度。第二,转动——此时物体上的某一条直线固定不动,而物体的其它部分则绕着这个固定的直线旋转。而这种旋转可以分成两个部分,一个是绕着固定旋转轴的“公转”,另一个是绕着粒子质心的“自旋”。正如( 17)式所示,第一项代表着粒子围绕着质心的“自旋”;而第二项代表着围绕前进方向的“公转”。
不难理解,在约定的前提条件下,在粒子前进( dτ /ds = k μ)、或后退( dτ /ds = - k μ)的过程中,相伴三面形 T(M, τ,μ ,β) 的顶点M都同时包含着“平移”和“转动”两个方面。这里所包含的平移和转动,总共可以分成四种情况,分别由下列四个关系式来单独地确定:
dτ/ds = kμ ;d μ/ds = - k τ+ζ β;………… ①
dτ/ds = kμ ;d μ/ds = - k τ-ζ β;………… ② (23)
dτ/ds = - kμ ;d μ/ds = kτ- ζβ ;………… ③
dτ/ds = - kμ ;d μ/ds = kτ+ ζβ ;………… ④
在上述四个关系式中,曲线上的每个动点 M联系着一个相伴三面形T (M,τ ,μ, β),它是由曲线上对应点发出的“切矢量”、“主法线矢量”、“副法线矢量”所构成的“直角三面形”。这些关系式不仅给出了平移的“正方向”与它的“反方向”,而且给出了每种情况下的转动。单纯地就转动而言,这些公式一方面给出了“左旋公转”与“右旋公转”的情况;另一方面给出了顶点 M围绕着自己的质心“左旋自旋”与“右旋自旋”的情况。当相伴三面形的顶点M移动时,动点 M所描绘的运动轨迹就肯定是一条螺旋状的曲线。值得指出的是,在粒子构成的“自旋”中,η ≠0 是至关重要的。正是基于自旋的存在,所以才能出现以上四种独立的运动类型。这里,如果我们把η ≠0 看成是地球引力场的作用,那么,上式所代表的自旋一定与引力场的性质有关。
普遍的规律,对于两个基本参数完全相同的粒子来说,只有它们的自旋方向相反时,才能发生“耦合作用”而成对地出现。并且,只有自旋方向相反的粒子之间实现了耦合,其结构状态才是最稳定的状态 。
基于这一考虑,我们提出如下的大胆推测:第一,核苷酸分子总是成对地耦合在一起。——考虑到每个核苷酸分子的运动轨迹都是螺旋式的结构形状,那么由这些成对存在着的核苷酸分子所构成的 DNA分子,就必然具有双螺旋式的结构特征;第二,核苷酸分子的自旋运动与其所在星球的引力特征息息相关。换言之,地球上生物体 DNA分子的结构性状,必将在一定程度上取决于地球自身引力场的特征。由此而论,长期停留在太空中的物种,必然会导致其 DNA分子的性状发生某种变异。——从宇宙飞船上带回来的种子出现高产的试验事实刚好证明了这一点。
由于只有那些自旋相反的核苷酸分子才能够相互耦合而成对地出现,并且这些自旋相反的核苷酸分子的耦合结果只能具有以下四种可能,所有核苷酸分子只有 T、L、B、 M四种类型。为了明确,我们把(23)式中的四个式子间的可能耦合列成下表。
| 耦合条件 | 公转方向相同 | 公转方向相反 |
| 自旋方向必须相反 | ① — ② ;③ — ④ | ① — ③;②—④ |
上表列出了核苷酸分子各种可能的耦合关系。从上表所列出的耦合关系可以看出,核苷酸分子的耦合情况只能是表中所列出的“四种组合”,即: ① — ② ;③ — ④和① — ③;②—④。在给定的、均匀的引力场中,这四种结构特征应该是唯一的。所以,地球上生物体的 DNA分子只能有四种类型,并且这四种类型DNA分子的自我复制功能也是唯一的。
五结论
总之,通过上述讨论,回答了五个问题:一是蛋白质分子螺旋结构特征的力学原因;二是核苷酸分子成对出现的力学原因;三是因为核苷酸分子的成对出现,所以 DNA分子必定是双螺旋结构;四是因为同种核苷酸分子的耦合只能有四种情况,所以DNA分子只能有四种类型,以及它们唯一的自我复制功能;五是因为地球的引力场对微观粒子的运动状态有一定的影响,所以改变引力场的特征将在一定程度上改变物种的遗传特征。此外,通过蛋白质分子的螺旋结构和 DNA的双螺旋结构特征,反过来从生物学的角度上,一方面间接地证明了微观粒子运动形态的螺旋式特征,另一方面证明广义时空相对论本身的正确性。
参考文献:
[1]《 DNA双螺旋结构发现的前前后后》 作者:徐九武,科报网,《生命科学的里程碑》。
[2]《广义时空相对论》夏 烆光著,人民交通出版社,北京, 2003年1月 第一版。
[3]《微分几何教程》 [苏]С.П. 芬尼可夫 著,施祥林、徐家福 译,高等教育出版社,1954年7月第一版。